مهدی صباغیان در سال 1337 در شهرستان امام شهر شاهرود و در خانواده ای متدین چشم به جهان گشود. به علت علاقه به یادگیری قرآن در مدت کوتاهی در خواندن قرآن و شناخت اصول و عقائد اسلام پیشرفت زیادی نمود.
در سال 1355 در رشته ریاضی از دبیرستان فارغ التحصیل شد و در همان سال در رشته شیمی دانشگاه اهواز پذیرفته شد. در دوران پهلوی علی رغم حضور در دانشگاه جوهر اسلامی خویش را حفظ کرد و با تشکیل جلسات و توزیع اعلامیه ها و نوارهای حضرت امام (ره) به مبارزه علیه رژیم شاه پرداخت.
وی چندین بار برای دیدار با رهبران مذهبی به محل تبعید آنان در استان سیستان و بلوچستان رفت و با آنان دیدار نمود. او با مسافرت به نقاط گوناگون از جمله بندر انزلی و شاهرود سعی بسیاری در پیروزی انقلاب نمود و به افشای جنایات رژیم پهلوی پرداخت.
بعد از پیروزی انقلاب در تشکیل کمیته امام خمینی (ره) نقش داشت. ایستادگی بسیاری در رابطه با امور کارخانه ها و مسائل کارگری را متحمل شد.
وی همچنین در پاک سازی افراد وابسته به رژیم از ادارات همکاری داشت. سپس هنگامی که سیل خوزستان را فراگرفت، مهدی به صورت شبانه روزی جهت نجات سیل زدگان فعالیت می کرد.
با شروع جنگ در استانداری خوزستان که ستاد سیل زدگان و جنگ زدگان بود به فعالیت پرداخت.
وقتی مسئله جنگ زدگان و امکان و تغذیه آنان در خوزستان تبدیل به بحران شد، مهدی مناسب ترین شخص جهت رسیدگی به این امر شناخته شد؛ لذا سرپرستی شهرک (هجرت) در ماهشهر که بخش اعظم اهالی آبادان و خرمشهر را در برداشت به وی واگذار شد و او به خوبی از عهده این مسئولیت برآمد. مقابله با گروهک ها و جلوگیری از تبلیغات سوء آنها در بین جنگ زدگان، فعالیت های فرهنگی و تامین بهداشت از جمله اقدامات مهم وی در دوران مسئولیتش بود. پس از سامان گرفتن امور شهرک هجرت وی به سرپرستی بنیاد امور جنگ زدگان استان خوزستان انتخاب شد.
در سفری که شهید رجایی به استان خوزستان کرده بود حدود یک ساعت با مهدی از اردوگاه ها دیدن نمود و چنان جذب مهدی شده بود که گفت: «اگر ما چند نفر مثل ایشان داشتیم، هیچ غمی نداشتیم.»
از پدر بزرگوار شهید صباغیان نقل شده است یک روز قبل از شهادت در پاسخ تماس تلفنی که برای عروسی برادرش از او خواسته اند به شاهرود بیاید، گفته است:« ما اینجا عروسی زیاد داریم، ما اینجا کارهای زیادی داریم.»
سرانجام در عملیات فتح المبین مهدی در دشت عباس در اثر ترکش خمپاره ای که به پا و شانه اش اصابت کرد به لقاء الله رسید.